1938 griff auf brutalste Weise die Politik ins philharmonische Geschehen ein: Die Nationalsozialisten entließen fristlos alle jüdischen Künstler aus dem Dienst der Staatsoper und lösten den Verein Wiener Philharmoniker auf. Lediglich die Intervention Wilhelm Furtwänglers und anderer Personen bewirkte die Annullierung des Auflösungsbescheides und retteten bis auf zwei die "Halbjuden" und "Versippten" vor Entlassung aus dem Staatsopernorchester. Fünf Orchester-Kollegen verstarben trotz Intervention des neuen NS-Vorstandes, der sie vor der Deportation retten wollte, an den Folgen der KZ-Haft oder wurden ermordet. Weitere zwei Musiker kamen in Wien als direkte Folge von versuchter Deportation oder Verfolgung ums Leben. Insgesamt neun Kollegen wurden ins Exil vertrieben. Die 11 verbliebenen Orchestermitglieder, die mit Jüdinnen verheiratet waren oder als „Halbjuden" stigmatisiert wurden, lebten unter der ständigen Bedrohung des Widerrufs dieser „Sondergenehmigung". Doch auch im Orchester selbst gab es bereits eine im Rahmen der Nationalsozialistischen Betriebsorganisation Staatsoper (NSBO) sehr aktive „illegale" Zelle, sodass bereits vor 1938 während des Verbots der NSDAP der Anteil der NSDAP-Mitglieder rund 20% betrug. 1942 waren 60 von 123 aktiven Musikern Mitglieder der NSDAP geworden.
Nach Kontroversen rund um ihr Neujahrskonzert haben die Wiener Philharmoniker ihre Vergangenheit während und nach dem Zweiten Weltkrieg ausleuchten lassen. Eine unabhängige Historikerkommission, bestehend aus Bernadette Mayrhofer, Fritz Trümpi und Oliver Rathkolb, hat neues Material ans Tageslicht gebracht. Sie werfen unter anderem ein neues Licht auf die Überreichung des Ehrenrings der Wiener Philharmoniker an den ehemaligen Reichsstatthalter in Wien Baldur von Schirach. Die Materialien können nun von der Website heruntergeladen werden.
